آیتالله اعرافی، مدیر حوزههای علمیه، با توجه به پایان یافتن دوره چشمانداز اول حوزههای علمیه در سال ۱۴۰۴ شمسی، دستور تدوین چشمانداز دوم را صادر کردهاند. تدوین این سند به پژوهشکده مطالعات راهبردی حوزه و روحانیت واگذار گردیده است.
این پژوهشکده یکی از واحدهای پژوهشی صفی وابسته به مرکز مدیریت حوزه های علمیه است و زیر نظر مدیر حوزه های علمیه فعالیت می کند.
