اساس پژوهش «سند راهبردی پژوهشکده مطالعات راهبردی حوزه و روحانیت» بر آیندهپژوهی توصیفی بنا شده است و قرار است که نقاط تقاطع آینده مطلوب را مشخص و سیاستها، چشماندازها و راهبردها را استخراج کند.
این پژوهشکده یکی از واحدهای پژوهشی صفی وابسته به مرکز مدیریت حوزه های علمیه است و زیر نظر مدیر حوزه های علمیه فعالیت می کند.